接下來，明智光秀得要面對一個比較複雜的問題。那就是紀伊的雜賀眾和根來眾。
[圖:天正十一年(1583)年底勢力圖]
這些紀伊國人眾，是股強大而充滿不確定性的勢力。光是根來寺就號稱擁有七十萬石的寺領(分佈於近畿各地)，以及一萬以上使用鐵砲的僧兵。而雜賀眾除了紀伊，也佔有小半個和泉國的土地。
[圖:現代重演的根來寺僧兵 根來寺是火繩槍傳入日本本州時，最先掌握這種技術的地方]
在本能寺之變後，明智光秀也尋求過雜賀眾的支持。然而雜賀眾本是由信奉一向宗的土豪地主、鄉間武士組成，有強烈自治傾向。不太可能跟京都的強勢當權者，一直維持和睦關係。
另一方面，雜賀眾和根來寺的僧兵，都靠著他們優秀的鐵砲技術出外擔任傭兵。此外他們還擁有水軍，也經營海運貿易。但在近畿地區基本統一的情況下，他們的收入必定會減少。累積一陣子不滿之後，紀伊國人眾很可能會倒向反對明智光秀的陣營。
為了避免將來成為問題，最好趁著織田家殘餘勢力已被消滅、德川家康受到嚴重削弱的時機，趕緊平定紀伊。
說起來紀伊跟明智光秀過去負責的丹波很像：多山、遍地小勢力，沒辦法打一兩場戰役攻下兩、三座城就平定。之前織田信雄進攻伊賀，也是被國人眾搞得灰頭土臉，逼得織田信長下令三光清掉所有鄉民。所以史實上豐臣秀吉才演了一齣太田城水攻，從心理上震懾所有紀伊國人眾。
[圖:前田利家的盔甲 他曾經用下油鍋之類殘酷手段，鎮壓過加賀的一向宗信徒]
[圖:太田城水攻略圖]
依照明智光秀的性格，他不太可能為了拿下紀伊就大舉三光，也不太可能採取水攻這種太有秀吉風格的戰法(忍城水攻之後，日本再也無人使用)。之前明智光秀在攻略丹波時，則是花了四年時間，逐一拔除丹波各反叛豪族的本城。不過紀伊控制紀淡水道的入口，對海運航路有很大影響，因此不能用這種慢條斯理的辦法。
有個關鍵人物或許可以發揮作用，就是石山本願寺投降後住在紀伊鷺森的本願寺顯如。
[圖:本願寺顯如]
前面說過，雜賀眾是由一群土豪地主、鄉間武士組成的，內部又分為雜賀莊、十鄉、中鄉、南鄉、宮鄉等五個地域集團。各家之間並沒有明顯的上下從屬關係，內部也有派系。比如鈴木氏跟土橋氏，就一直在競爭對雜賀眾的領導權。
[圖:雜賀各地區示意圖]
明智光秀可以主動對顯如伸出橄欖枝，然後在雜賀眾內部發起拉溫和派打擊激進派的權力鬥爭。在獲得部分當地勢力支持後，重點就轉為挑起雜賀眾的內鬥。
於是趁著雜賀眾分裂並且互相牽制的時機，明智光秀就可以動用武力了。
首先要攻打的，當然是有明確的組織體系與據點的根來寺。
具體作法是明智軍主力由和泉正面進攻，指向根來寺。九鬼嘉隆的水軍(可能加上一部分四國長宗我部家派出的兵力)，則在紀之川口和鷺森附近的雜賀崎登陸。讓任何還傾向對抗明智光秀的雜賀眾(比如太田城的太田眾)難以兼顧兩個方向。
[圖:紀伊攻略戰示意圖]
[圖:千石堀城古圖 此城是通往根來寺的要道關卡]
這個戰略的要點，就是利用紀之川水路，把北邊的根來寺和南邊的太田城隔絕開來。然後各個擊破。(史實豐臣秀吉在水攻太田城時，就曾經讓毛利家水軍的船隻進入協助攻城。)
[圖:戰國時代三種日本水軍的船隻模型 (前)小早船 (中)關船 (後)安宅船]
包圍了這兩座城以後，就讓他們關在城內開「小田原評定」。明智軍則分兵去清理各地，打掉抵抗的根來寺分支據點或者紀伊的國人豪族。至於如何分辨哪家豪族是強硬派、哪家是穩健派，這工作自然要交給顯如去做。
於是，根來寺的勢力被剷除。顯如則在明智光秀保護下，回到京都重建本願寺。降伏的雜賀豪族則可以轉封到明智領國的各地，紀伊也就此安定了。
為了保證轉封一類後續行政工作能順利完成，最好派遣一員宿老來此監督。這個工作就交給本能寺之變時被鐵砲打傷，之後一直沒什麼表現機會的明智光忠了。
